Su continuación
La salud de Darwin se resintió por la presión. El 20 de septiembre tuvo una "incómoda palpitación del corazón", de modo que los médicos le conminaron a "abandonar todo el trabajo" y vivir en el campo durante algunas semanas.Tras visitar Shrewsbury se reunió con sus parientes de la familia Wedgwood en Maer Hall, Staffordshire, pero les encontró demasiado entusiasmados con los relatos de sus viajes como para proporcionarle algún descanso.
Los esfuerzos le pasaron factura, y en junio tuvo que permanecer varios días en cama con problemas estomacales, dolor de cabeza y síntomas de afección cardíaca. Durante el resto de su vida se vio repetidamente incapacitado con episodios de dolores de estómago, vómitos, abscesos graves, palpitaciones, temblores y otros síntomas, en particular durante las épocas de estrés como la asistencia a reuniones o visitas sociales. La causa de la enfermedad de Darwin sigue siendo desconocida, y todos los intentos de tratamiento tuvieron poco éxito
El 23 de junio se tomó un respiro y se fue a "hacer algo de geología" en Escocia. Visitó Glen Roy con un tiempo extraordinario para ver los "caminos naturales" cortados en las laderas de las colinas a tres alturas. Posteriormente publicó su interpretación de este fenómeno, afirmando que eran playas de mar elevadas por los movimientos geológicos, pero posteriormente tuvo que aceptar que eran líneas de la orilla de un lago proglacial.
Totalmente recuperado regresó a Shrewsbury en julio. Acostumbraba a tomar notas diarias sobre la cría animal, al tiempo que pergeñaba pensamientos inconexos sobre su carrera y proyectos en dos pedazos de papel, en los que valoraba las ventajas e inconvenientes de contraer matrimonio con su prima.
El 11 de noviembre volvió a Maer y se declaró a Emma y ella acepto.
El matrimonio Darwin tuvo diez hijos. Dos de ellos murieron en la infancia, y especialmente el fallecimiento de Anne Darwin con diez años dejó una huella indeleble en sus padres.
Charles era un padre cariñoso y extraordinariamente atento con sus hijos.
Cuando enfermaron siempre sospechó que la consanguinidad podía empeorar la tendencia genética a la enfermedad que él sufría desde su juventud.
Estudió el tema en sus libros, contrastándolo con las ventajas asociadas al cruce entre muchos organismos.
La mayoría de los hijos de Darwin tuvo carreras distinguidas logradas, en parte, gracias al honor de ostentar su ilustre apellido.
George, Francis y Horace se convirtieron con el tiempo en miembros de la Royal Society, distinguidos así por sus trayectorias en astronomía, botánica e ingeniería, respectivamente
Su hijo Leonard, por otra parte, fue sucesivamente soldado, político, economista y eugenicista, además de maestro del estadístico y biólogo evolutivo Ronald Fisher.
Finalmente Charles murio el 19 de abril de 1882 .